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La Comisión Permanente está compuesta por un presidente, dos vicepresidentes y un secretario general; los cardenales que son obispos diocesanos; el arzobispo de Buenos Aires; los presidentes de las Comisiones Episcopales que señala el Reglamento de la Conferencia; un obispo diocesano elegido por cada una de las regiones pastorales que no sea miembro de la Comisión permanente por otro título y el presidente del Consejo de Asuntos Económicos. Se reúne al menos tres veces al año. La actual Comisión Permanente (2017-2020) está integrada con los siguientes miembros:
 

Comisión ejecutiva

Presidente: Mons. Oscar Vicente Ojea, obispo de San Isidro
Vicepresidente 1°: Mons. Marcelo Daniel Colombo, arzobispo de Mendoza
Vicepresidente 2°: Mons. Carlos Alfonso Azpiroz Costa OP, arzobispo de Bahía Blanca
Secretario General: Mons. Alberto Germán Bochatey OSA, obispo auxiliar de La Plata

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Presidentes de Comisiones Episcopales

Fe y Cultura: Mons. Víctor Manuel Fernández, arzobispo de La Plata
Catequesis, Animación y Pastoral Bíblica: Mons. Gabriel Antonio Mestre, obispo de Mar del Plata
Ministerios: Mons. César Daniel Fernández, obispo de Jujuy
Vida Consagrada: Mons. Héctor Luis Zordán M.SS.CC, obispo de Gualeguaychú
Liturgia: Mons. Ariel Edgardo Torrado Mosconi, obispo de Nueve de Julio
Pastoral Social: Mons. Jorge Rubén Lugones SJ, obispo de Lomas de Zamora
Educación Católica: Cardenal Mario Aurelio Poli, arzobispo de Buenos Aires
Vida, laicos y familia: Mons. Jorge Vázquez, obispo de Morón
Comunicación Social: Mons. Gabriel Bernardo Barba, obispo de San Luis
Cáritas Argentina: Mons. Carlos José Tissera, obispo de Quilmes

Presidente del Consejo de Asuntos Económicos

Mons. Guillermo Caride, obispo auxiliar de San Isidro

Delegados de las Regiones Pastorales

Región Pastoral Buenos Aires: Mons. Pedro María Laxague, obispo de Zárete-Campana
Región Pastoral Centro: Mons. Hugo Ricardo Araya, obispo de Cruz del Eje
Región Pastoral Cuyo: Mons. Marcelo Fabián Mazzitelli, obispo auxiliar de Mendoza
Región Pastoral Litoral: Mons. Hugo Norberto Santiago, obispo de San Nicolás
Región Pastoral Nordeste (NEA): Mons. Ramón Alfredo Dus, arzobispo de Resistencia
Región Pastoral Noroeste (NOA): Mons. Mario Antonio Cargnello, arzobispo de Salta
Región Pastoral Platense: Mons. Jorge Eduardo Scheinig, arzobispo de Meredes-Luján
Patagonia-Comahue: Mons. Juan José Chaparro CMF, obispo de San Carlos de Bariloche