Durante su pontificado depuso a Pedro Mongo, patriarca herético de Alejandría y excomulgó a Acacio, patriarca de Constantinopla, quien se rebeló, dando lugar al primer cisma bizantino que duró 35 años. El pontificado de San Félix se vio nublado por la invasión de Teodorico y sus ostrogodos, que dio fin al efímero reino de los hérulos y de su rey Odoacro. San Félix murió en Roma el año 492.