Destacó el principio de neutralidad del Estado en materia religiosa, al argumentar su decisión en un caso de "habeas data" contra el Arzobispado de Salta.
El arzobispo de La Plata, Mons. Héctor Aguer, en su reflexión televisiva semanal se refirió a una "desconcertante" medida adoptada en la Universidad Nacional de La Plata, donde ya no habrá más baños para varones y baños para mujeres. Ellas y ellos tendrán que compartir los mismos sanitarios. "Me imagino las dificultades prácticas que se seguirán de esta decisión, porque no es solo una cuestión elemental de pudor sino también de comodidad, de respeto. Todo para satisfacer el interés de una ínfima minoría, y una presión ideológica cada vez mayor". En el fondo en la ley de Identidad de Género se manifiesta una mentalidad que detesta la diversidad insoslayable de varón y mujer.
A raíz de la sanción de las leyes de identidad de género y muerte digna, junto con la presentación del anteproyecto de Código Civil y la anterior ley 26618 sobre legalización de las uniones de personas del mismo sexo como matrimonio, se han generado diversos debates sobre sus alcances, por lo que los directivos del Centro de Bioética, Persona y Familia, María Inés Franck y Nicolás Lafferriere, responden algunas preguntas sobre estas tendencias legislativas. Informes: www.centrodebioetica.org .
En su reflexión televisiva semanal en el programa "Claves para un Mundo Mejor", el arzobispo de La Plata y miembro de la Academia Nacional de Ciencias Morales y Políticas, Mons. Héctor Aguer, se refirió a la ley llamada de identidad de género. "Hace muy poco el Congreso de la Nación votó una ley llamada de identidad de género por la cual un varón que, siendo varón, se siente mujer, puede vestirse de mujer, obtener un documento que lo acredite como tal, someterse a una operación de reasignación de sexo que, además, esté cubierta por las obras sociales. Lo mismo pasa con una mujer que se siente varón y quiere convertirse en varón. En la ley de identidad de género el positivismo jurídico es llevado hasta el extremo. ¿Basta que el legislador quiera que las cosas sean de un modo para que sean así? ¡No, aunque a él se le ocurra, las cosas no son así!", enfatizó.