Al presidir la misa en la iglesia dedicada al santo, uno de los santuarios más visitados del mundo, el papa Francisco destacó que oración, pequeñez y sabiduría son los tres legados preciosos que dejó san Pío de Pietrelcina y advirtió sobre la cultura del descarte, esa que descarta a los niños, a los ancianos "porque no sirven" y en la que "Jesús es dejado de lado". Previamente se dirigió al santuario de Santa María de las Gracias, donde se detuvo a orar unos minutos ante el lugar donde se encuentra expuesto el cuerpo del fraile capuchino.
Tras su paso por Pietrelcina, el papa Francisco se trasladó en helicóptero a San Giovanni Rotondo, donde visitó el Hospital Casa Alivio del Sufrimiento, y saludó y bendijo a los enfermos. Allí también veneró el cuerpo de San Pío de Pietrelcina y se detuvo en oración ante el crucifijo de los estigmas.